Según recuentos de la época, su imagen apareció en 1612 o principios de 1613 de abril, en la Bahía de Nipe, la mayor de Cuba, situada en la costa norte de la región oriental de la isla. Fue avistada por tres esclavos: un muchacho negro de 10 años (Juan Moreno) y dos hermanos de pura sangre india (Juan y Rodrigo de Hoyos), que trabajaban como esclavos en las minas de cobre de la región. El trío ha quedado bautizado en la imaginería cubana como “los tres Juanes”. Los jóvenes, que habían ido en busca de sal, divisaron la imagen de la Virgen con el Niño Jesús en brazos –la misma que hoy es objeto de veneración por los cubanos– que se acercaba flotando en una tabla, donde podía leerse la frase “Yo soy la Virgen de la Caridad”. El santuario inicial se construyó de manera improvisada, empleando hojas de guano y tablas. Tras múltiples sucesos misteriosos ocurridos en torno a la imagen, ésta fue llevada al que sería su santuario definitivo, a poca distancia de allí, en la cima de una loma cercana a las minas de cobre.